Viện nghiên cứu phát triển y dược cổ truyền Việt Nam  có những chức năng và nhiệm vụ chính như sau:

1. Nghiên cứu khoa học phục vụ phát triển công nghệ, thực hiện đề tài, chương trình, dự án trong lĩnh vực y dược cổ truyền; Nghiên cứu phát triển cây thuốc quý đặc hiệu và các vùng dược liệu tập trung ở Việt Nam; Nghiên cứu xây dựng và phát triển các mô hình dịch vụ chăm sóc sức khỏe cộng đồng.

2. Ứng dụng các giải pháp bào chế hiện đại nhằm nâng cao sinh khả dụng và hiệu quả điều trị của các bài thuốc cây thuốc Nam; Ứng dụng khoa học công nghệ vào phát triển sản phẩm, dịch vụ phục vụ lợi ích chăm sóc sức khỏe cộng đồng; Ứng dụng khoa học kỹ thuật vào thực tiễn sản xuất các sản phẩm đặc hiệu từ Đông Nam dược.

3. Tổ chức hội nghị, hội thảo khoa học, tập huấn, đạo tạo nâng cao trình độ chuyên môn về các lĩnh vực nghiên cứu nêu trên.

4. Liên kết, hợp tác với các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước thực hiện nhiệm vụ Viện.